a cura del Prof. Ezio Gagliardi
Tra il 6 Febbraio e il 20 Marzo a Dashi (1), città della Cina sono stati identificati nel 6% di persone affette da CoViD-19 (n°149 campioni) delle eliminazioni del tratto genomico 23585-23599, corrispondente a una delezione (15 basi) a livello della proteina Spike, che avviene comunemente dopo passaggi attraverso cellule coltivate (Vero o VeroE6). Sappiamo che la proteina Spike svolge un ruolo importante nell’infettività virale, nella trasmissibilità e nell’antigenicità, in quanto proprio mediante questa proteina avviene l’aggancio alla cellula ospite.
La Biologia Molecolare ha fatto passi da gigante, in quanto le nuove tecniche (NGS) permettono si sequenziare in tempi ragionevoli il codice genetico del SARS-CoV-2 formato da 30.000 basi. Diversi team in tutto il mondo stanno sequenziando e raccogliendo diverse migliaia di genomi nei propri DataBase e trasferiti in una Banca Genetica Mondiale (GISAID), al fine di verificare non solo eventuali mutazioni e/o delezioni, ma anche la storia nel tempo e nello spazio della propagazione del virus.
I Dati mostrano attualmente:
1) SARS-CoV-2 ha avuto un’unica origine (Wuhan).
2) Molti dei primi casi analizzati in Arizona (SU) mostrano che il virus infettante proveniva con molta probabilità dall’Europa.
3) Da un pool di 382 campioni nasali di persone probabili Covid-19 provenienti dall’Arizona è stata evidenziata una significativa delezione di 81 basi (già rilevata la settimana scorsa).
Come già ribadito precedentemente tale delezione è di estremo interesse, in quanto risulta simile a una grande delezione avvenuta nel 2003, durante la fase media e finale dell’epidemia SARS; sappiamo come tale delezione e altre mutazioni hanno attenuato il virus, per cui tale epidemia si è risolta in pochi mesi.
Dall’Università di Zhejiang (Cina), (2) alcuni ricercatori hanno dimostrato come le mutazioni possono influenzare la virulenza del virus; attraverso la rivista medRxiv.org, in attesa di essere sottoposta a peer revieux, affermano che SARS Cov2 è mutato almeno in 30 ceppi diversi e purtroppo in Europa si è diffuso il più letale.
Analogamente molti sono gli esperti (3) che ritengono che un virus attenuato, in questo caso SARS-CoV–2 causerà malattie meno severe, il quale potrà avere un vantaggio selettivo, se sarà abile a diffondersi attraverso la popolazione anche in maniera asintomatica.
Dal momento che conviviamo con molti virus, rimane una prudente e ragionata previsione, che potrà esserci un vantaggio selettivo sia per il virus SARS-CoV-2 che per l’uomo, se si verificheranno 3 condizioni:
1) Attenuazione progressiva della virulenza del virus attraverso delezioni e mutazioni, al fine della sopravvivenza dell’ospite.
2) La scomparsa dei ceppi virulenti, per morte dell’ospite e/o guarigione dell’ospite, dovuta alle migliorate capacità immunologiche, attuando i dovuti isolamenti.
3) Delezione significativa a livello del gene Spike, come già accennato diverse settimane fa, dato il probabile innesto a livello proprio della proteina Spike di brevi tratti derivanti dal virus dell’ AIDS (4)
Attualmente solo 16.000 genomi SARS-CoV-2 sono stati sequenziati, meno del 0,5% delle specie circolanti.
Sarà opportuno intensificare lo studio delle specie circolanti con il sequenziamento genomico, decuplicando i genomi SARS-CoV-2, al fine di conoscere dove sono e saranno localizzate le specie più virulente, al fine di predisporre le opportune azioni di contenimento; analogamente individuare i genomi che hanno subito mutazioni e delezioni significative, al fine di verificarne nel tempo la penetrazione nella popolazione e la diminuita virulenza.
A proposito di modalità di propagazione del virus, uno studio dimostra che il SARS-CoV-2 rimane nelle feci nel 73% dei guariti, in base al secondo tampone negativo; lo dimostrerebbe attualmente un piccolo studio, effettuato a Roma (Altamedica Center) ancora da pubblicare; nel 40% dei casi il virus permane nelle feci fino a 40 giorni dopo; questo test crea non pochi problemi sulle modalità di contenimento e come bloccare la diffusione del virus; sapendo che il virus si trasmette non solo attraverso la via respiratorie, ma anche attraverso le feci, attualmente molte persone considerate guarite in base al doppio tampone negativo, possono ancora infettare in maniera indiretta soprattutto attraverso i servizi igienici.
Sono stati trovati fino a 10 milioni di copie di SARS-CoV-2 per grammo di feci, una settimana dopo l’insorgenza dei sintomi (3); per tale motivo in diverse città dell’Europa del Nord (Paesi Bassi) stanno monitorando le acque reflue, evidenziando la presenza del SARS-CoV-2 con maggiore concentrazione nei giorni di maggiore diffusione; Tale monitoraggio risulterà estremamente utile nel evidenziare in maniera preventiva l’insorgere di nuovi focolai.
Non mi stancherò mai di affermare che la lotta contro il SARS-CoV-2 può essere vinta non solo con la conoscenza approfondita dei ceppi circolanti, che naturalmente tendono a mutare, ma anche attraverso lo studio:
1) di particolari geni dell’uomo, che permettono al nostro sistema immunitario di affrontare in maniera vincente il virus.
2) dell’epigenetica, che potrebbe aiutarci a migliorare le nostre capacità di difesa contro il SARS Cov2.
Riferimenti:
1) Journal of virology (Lim-Gisaid)
2) Jing Lu Guangdong Istituto provinciale di sanità pubblica, 160 Qunxian Rd, città di Dashi, distretto di Panyu, provincia di Guangdong, Guangzhou 514300, Cina;
e-mail: Jimlu0331@163.com.
3) Clinical presentation and virological assessment of hospitalized cases of coronavirus disease 2019 in a travel-associated transmission cluster Roman Woelfel, View ORCID ProfileVictor Max Corman, Wolfgang Guggemos, Michael Seilmaier, Sabine Zange, Marcel A Mueller, Daniela Niemeyer, Patrick Vollmar, Camilla Rothe, Michael Hoelscher, Tobias Bleicker, Sebastian Bruenink, Julia Schneider, Rosina Ehmann, Katrin Zwirglmaier, Christian
4) Pradhan Prashant, Pandey Ashutosh Kumar, Mishra Akhilesh, et al. . Somiglianza inquietante di inserti unici nella proteina del picco 2019-nCoV con HIV-1 gp120 e Gag . bioRxiv . 2020. doi: 10.1101 / 2020.01.30.927871. [ CrossRef ] [ Google Scholar
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