a cura del prof. Ezio Gagliardi (Comitato scientifico di Accademia Kronos)

Mutazioni e delezioni del genoma possono ridurre la forza e l’impatto del virus SARS Cov-2

Come ho puntualizzato nell’articolo precedente, risulta importante accedere ai risultati recenti dei più importanti centri di ricerca virologica nazionale e mondiale, al fine di evidenziare possibili modificazioni del genoma virale del SARS-CoV-2, che possano in qualche modo farci capire meglio la natura e la cinetica di trasformazione di tale virus.

Recentemente sono state individuate due importanti delezioni:
1) In Arizona a Tempe (USA) è stata evidenziata una delezione di 81 basi corrispondenti a 27 amminoacidi, a livello della proteina ORF7a mediante sequenziamento del genoma del SARS Cov2 di un soggetto sintomatico (1).
Delezioni simili in SARS COV-2 stanno emergendo, soprattutto a livello del gene ORF8 (2), il quale può potenzialmente ridurre la forza e la vitalità del virus (3); Importante sapere che il gene ORF7 genera una proteina, la quale aiuta il virus nella sua azione infettante e di replicazione, eludendo il sistema immunitario (4).

Beta CoV/Arizona Del.81 (human SARS-2-CoV)

Ora tale mutazione è particolarmente interessante in quando simile a quella che si è avuta nel 2003 nel virus della SARS (Efrem Lim virologo Arizona): la delezione di 29 nucleotidi si è avuta in una regione codificante per la proteina ORF8; tale delezione si è dimostrato ridurre la replicazione virale in diversi tipi di cellule (Vincent Racaniello), rispetto allo stesso virus con il gene ORF8 completo.

2) Come già evidenziato nell’articolo precedente, è stato confermato in un recente blog di Racaniello (Con David Tuller eGertrud U. Rey) (5) la presenza di virus con la delezione di ben 382 nucleotidi, appartenenti al gene ORF8, isolati recentemente da 8 pazienti di Singapore; tali virus circolavano almeno da due settimane.

Beta CoV/SG/12/2020 Del.382 (human SARS-2-CoV)

Gli autori (7) concludevano dichiarando che tale delezione può ridurre la virulenza del virus; l’emergenza SARS-CoV-2 a Singapore risulta apparentemente risolta.
Attualmente tale delezione non è stata riportata fuori di Singapore; sarà importante nel prossimo futuro guardare attentamente a questo gene, per capire se i virus con questa importante delezione potranno espandersi ulteriormente con ridotta virulenza.

Interessante il lavoro di un famoso Team di Los Alamos, che ha lo scopo di studiare l’evoluzione di tale virus attraverso il sequenziamento di nuova generazione: Illumina NextSeq.2×76, al fine di evidenziare eventuali mutazioni e delezioni, monitorando tutte le mutazioni evidenziate sul SARS-CoV-2, in special modo a livello della proteina Spike: sono state trovate 14 mutazioni, delle quali almeno una risulta preoccupante: D614G, purtroppo quella che arrivata in Europa in Febbraio, è diventata la forma dominante; le mutazioni aumentano con il passare del tempo, tranne quelle neutre e come abbiamo già puntualizzato, tendono a rendere il virus meno contagioso (4).

Ovviamente nel passaggio da ospite a ospite umano, durante la replicazione assisteremo a delle mutazioni progressive e a possibili delezioni, di cui almeno due già avvenute recentemente (Tempe Arizona, Singapore) che porteranno a modificare la virulenza del virus e la sua sopravvivenza rispetto ad altri virus.

Attualmente rimangono dubbi seri sulla natura del virus (naturale e/o modificato) proveniente dal mercato di pesci di Wuhan o da un laboratorio virale, situato sempre a Wuhan (molto discusso per la bassa sicurezza); non a caso alcuni paesi occidentali (Francia, Inghilterra, Stati Uniti) hanno chiesto chiarimenti alla Cina.
Uno studio sulla rivista Lancet dimostra che il primo caso registrato il 1° Dicembre non ha evidenziato nessun collegamento con il mercato del pesce.
Rimane la speranza, che nel caso il virus sia stato modificato dall’uomo, come accaduto per la SARS, possa perdere virulenza in minor tempo.

Ultima considerazione: se ecquipariamo la Pandemia da SARS Cov-2 ad una guerra mondiale, il tempo può essere un fattore a nostro vantaggio e far chiudere la partita con il minor numero di morti e nel minor tempo possibile se si verificheranno almeno due delle 3 condizioni:
1) Buona predisposizione genetica ed epigenetica, da verificare.
2) Virus modificato dall’uomo; uno studio lo dimostrerebbe.
3) Aumento delle delezioni, al fine di diminuirne la virulenza.

Riferimenti
1) JVI Accepted Manuscript Posted Online 1 May 2020 J. Virol. doi:10.1128/JVI.00711-20 Copyright © 2020 Holland et al
2) Su YC, Anderson DE, Young BE, Zhu F, Linster M, Kalimuddin S, Low JG, Yan Z, 124 Jayakumar J, Sun L, Yan GZ, Mendenhall IH, Leo Y -S, Lye DC, Wang L -F, Smith GJ. 2020. 125 Discovery of a 382 -nt deletion during the early evolution of SARS -CoV -2. bioRxiv 126 doi:10.1101/2020.03.11.987222:2020.03.11.987222
3) Muth D, Corman VM, Roth H, Binger T, Dijkman R, Gottula LT, Gloza -Rausch F, Balboni A, 128 Battilani M, Rihtarič D, Toplak I, Ameneiros RS, Pfeifer A, Thiel V, Drexler JF, Müller MA, 129 Drosten C. 2018. Attenuation of replication by a 29 nucleotide deletion in SARS -coronavirus 130 acquired during the early stages of human -to -human transmission. Scientific Reports 131 8:15177.
4) Science alert Studies Have Found New Mutations in The Coronavirus. Here’s What That Means 6 May 2020.
5) A 382 nucleotide deletion in the genome of SARS-CoV-2 10 APRIL 2020
6) bioRxiv preprint doi: https://doi.org/10.1101/2020.03.11.987222. this version posted March 12, 2020. The which was not certified by peer review) is the author/funder. All rights reserved. No reuse allowed without permission.
7) https://www.virology.ws/2020/04/10/a-382-nucleotide-deletion-in-the-genome-of-sars-cov-2/

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Cari amici, siamo prossimi al rinnovo del direttivo, al quale vi chiedo di essere presenti sia come potenziali eletti sia come elettori. In questi 3 anni, abbiamo vissuto momenti difficili. Quest’anno abbiamo affrontato una tremenda pandemia, che ha determinato moltissimi ammalati e tanti morti. Numerosissime persone lasciate sole, abbandonate al loro destino senza il conforto di un proprio caro. Così, ad un certo punto, i sanitari, in mancanza di mezzi e risorse, hanno fatto una scelta dolorosa e angosciante: chi salvare e chi lasciare andare.

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