a cura del Prof. Ezio Gagliardi
Da diverso tempo ho cominciato a chiedermi se la genetica sia in grado di influenzare la gravità dei sintomi delle persone colpite dal virus della CoViD-19; è un fatto che varianti genetiche possono modificare le possibilità di una persona di contrarre una malattia infettiva, ad esempio una mutazione del gene CCR5, che offre protezione contro l’HIV; analogamente alcune delle mutazioni legate al sistema HLA, determinano una diversa suscettibilità verso infezioni batteriche e virali.
Per rendere più chiaro le sequenze geniche del virus SARS2-COV19, possiamo dire che è costituito da 30 mila basi azotate (A=Adenina, C=Citosina, G=Guanina e U=Uracile; ogni tre basi saranno lette e tradotte in un amminoacido).
Schema RNA virus SARS2-COV19
Una mutazione porta alla modificazione di una base, quasi sempre ad un diverso amminoacido e ad una proteina modificata.
La cellula infettata legge e traduce in molte proteine tale RNA producendo milioni di copie del virus di partenza; durante questa fase possono essere commessi degli errore di lettura (mutazioni), che aumentano passando da un individuo ad un altro.
Ovviamente con il passare dei mesi le mutazioni tendono ad aumentare; attualmente i genomi a RNA dei virus, appartenenti ai soggetti infettati, hanno generalmente circa 10 mutazioni, che possono arrivare a 20 e più mutazioni in piccole percentuali (1); sarà importante se, oltre alle mutazioni, possa accadere un fenomeno meno probabile, la delezione, che porta alla eliminazione di centinaia di amminoacidi e quindi a una probabile diminuzione della capacità infettante, come si è verificato con la SARS; pur ritenendo molto importante il distanziamento, i dispositivi di protezione, le procedure di sanificazione, i controlli della presenza del virus (tamponi) e degli anticorpi (sangue capillare), credo possa essere utile intensificare le analisi genetiche (es. le mutazioni del sistema HLA).
A tal proposito la società di genomica “23andMe”, uno dei primi fornitori di test del DNA, ha annunciato che avrebbe cercato informazioni sul suo database di oltre 10 milioni di clienti, attraverso un sondaggio a oltre l’80% dei propri clienti, al fine di poter collegare eventuali mutazioni o delezioni, a livello di particolari geni, tipo quelli del HLA, di soggetti colpiti dalla CoViD-19, al fine di evidenziarne eventuali correlazioni, al fine di “ottenere una migliore comprensione della risposta immunitaria e in generale di come combattere le infezioni” (Chang).
Avendo parlato di interazione virus (SARS-CoV-2) ospite (l’uomo), con una buona predisposizione genetica ed immunologica, a parità di capacità infettante da parte del virus, dovremmo assistere a una suscettibilità minore verso le persone potenzialmente infettate.
Come sottolineato precedentemente risulta utile evidenziare quale tipo di evoluzione ha subito il virus SARS-CoV-2 prelevato dai primo soggetti colpiti a Wuhan fino ai giorni nostri; dalla letteratura scientifica dedicata ho notato come i primi test effettuati in Cina all’inizio dell’anno danno sequenze identiche dei virus sequenziati con 1 o 2 mutazioni, facendo ipotizzare che vi è stato un solo passaggio dall’animale e/o laboratorio all’uomo; nel caso di più passaggi, avremmo avuto una maggiore diversità; Ora sta emergendo una maggiore differenziazione per questo coronavirus, dovute alle mutazioni casuali >10, che peraltro sembrano più lente di quelli dell’influenza da due a quattro volte (3). Già alla fine gennaio-Inizio Febbraio sono stati evidenziate 80 varianti provenienti da 48 pazienti malati, provenienti da Wuhan e da paesi limitrofi (3).
Un’importante rivista scientifica ha messo in luce dall’esame del genoma del SARS-CoV-2 di alcuni pazienti del sud-est Asiatico delle importanti delezioni del RNA, di ben 382 basi (2), tali da rendere tali virus meno aggressivi (sembrano aver soggiornato in tale località almeno per due settimane); analogamente alla SARS del 2003. Quindi, anche se più lentamente, stiamo assistendo, oltre alle mutazioni singole, ad un’importante delezione, come conseguenza delle interazioni virus-ospite.
Tale notizia viene confermata da simili delezioni avvenute durante le trasmissioni del virus SARS da uomo a uomo e diversi test effettuati sui pipistrelli (3).
La pubblicazione definitiva di tali risultati e la conferma nel prossimo futuro di altre delezioni importanti ci permetteranno di sperare, che analogamente alla SARS, nel giro di alcuni mesi, potremmo assistere alla scomparsa definita del Virus;
quali sono gli argomenti a favore:
1) Elevata analogia del SARS-CoV-2 con altri beta Coronavirus:
a) SARS-like BAT coronaviruses bat-SL-CoVZC45 and bat-SL-CoVZXC21: 88% (5,6)
b) SARS: 79,5% (6,7)
c) MERS 50,0%(6,7)
2) La SARS nel 2003 è scomparsa in pochi mesi.
3) Possibili delezioni, come recentemente pubblicato, potrebbero diminuire significativamente le suscettibilità verso l’uomo.
4) Nei luoghi in cui è stata evidenziata tale delezione nei virus SARS2-Covid19, si evidenzia una minore aggressività e mortalità dei soggetti infettati.
5) La SARS ha subito prima della scomparsa una delezione simile.
Riferimenti:
1) Come muta e diffonde il coronavirus di Jonathan Corum e Carl Zimmer 30 Aprile 2020.
2) bioRxiv preprint doi: https://doi.org/10.1101/2020.03.11.987222. this version posted March 12, 2020. The which was not certified by peer review) is the author/funder. All rights reserved. No reuse allowed without permission.
3). Chinese, S.M.E.C., Molecular evolution of the SARS coronavirus during the course of 248 the SARS epidemic in China. Science, 2004. 303(5664): p. 1666-9.
4) https://www.sciencemag.org/news/2020/03/mutations-can-reveal-how-coronavirus-moves-they-re-easy-overinterpret
5) Variant analysis of COVID-19 genomes T. Koyama, D. Platt & L. Parida IBM TJ Watson Research Center, 1101 Kitchawan RD., Yotktown Heights, NY 10598, USA.
6) Lu R, Zhao X, Li J, Niu P, Yang B, Wu H, et al. Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding. Lancet. 2020.
7) Wu F, Zhao S, Yu B, Chen Y-M, Wang W, Hu Y, et al. Complete genome characterisation of a novel coronavirus associated with severe human respiratory disease in Wuhan, China. bioRxiv.
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